در جوار مقبره هارون ولايت، مسجدي قرار گرفته كه در زما ن شاه اسماعيل اول صفوي به سال ۹۲۹ هجري قمري ساخته شده است. اين بناي باشكوه و زيبا از نظر هماهنگي در ابعاد و اندازه ها و نيز از لحاظ آراستگي نماي سر در در عداد يكي از شاهكارهاي عصر صفوي است.
مسجد علي در محل مسجدي ساخته شده كه متعلق به عصر سلجوقي بوده و در عصر صفوي تخريب شده است. اما مناره قديمي آن كه حدود ۴۰ متر ارتفاع دارد و با كتيبه اي كوفي و كاشي تزئين شده باقي مانده است.
مسجد علي به شكل ۴ ايواني ساخته شده و ايوان جنوبي آن از ايوان هاي ديگر بزرگتر است در پشت اين ايوان شبستان گنبد دار قرار دارد.
گنبد مسجد علي از داخل با مقرنس هاي گچي تزئين شده و كتيبه اي به خط ثلث شامل آياتي از قرآن كريم و تاريخ ۹۲۹ هجري قمري بر گردن گنبد نوشته شده است. خارج گنبد نيز با كاشيكاري تزئين شده است. كتيبه سردر به خط ثلث و با كاشيهاي معرّق سفيد بر زمينه آبي با خط شمس الدين تبريزي شامل آياتي از قرآن كريم و نام شاه اسماعيل صفوي و باني مسجد ميرزاشاه حسين اصفهاني مي باشد.
مسجد علي از نظر معماري و تزئينات و مقرنس هاي گچي داخل گنبد و كاشيكاري آن در رديف مساجد بسيار مهم دوران صفوي به شمار مي رود.
