در گوشه جنوب شرقي مسجد امام (مسجد شاه) مدرسه اي است كه بناي آن را به اواخر دوره شاه عباس اول يا اوائل دوره شاه صفي نسبت مي دهند. اما با توجه به كتيبه هائي كه به دست آمده است تزئينات كاشيكاري و كتيبه هاي مدرسه مربوط به زمان شاه عباس دوم است.
در ايوان جنوبي مدرسه ناصري كتيبه هائي است كه يكي از آنها به خط ثلث مشكي بر زمينه زرد به قلم محمدرضا امامي، صلوات بر ۱۴ معصوم را با امضاء محمدرضا امامي و تاريخ ۱۰۷۷ هجري برخود دارد. در اطراف محراب اين ايوان نيز آيات قرآن با همان تاريخ و امضاء همان خطاط آمده است.
كتيبه داخل محراب در زمان سلطنت شاه سليمان صفوي به خط ثلث سفيد بر روي زمينه كاشي لاجوردي نوشته شده است. اين كتيبه شامل رواياتي از حضرت رسول (ص) با تاريخ ۱۰۹۵ و امضاء محمد حسن امامي است. علت اينكه اين مدرسه را ناصري هم مي نامند اين است كه در زمان سلطنت ناصرالدين شاه قاجار تعمير و مرمت شده است. اين مدرسه داراي حجره هائي است كه در ضلع جنوب شرقي مدرسه قرار دارند. مدرسه داراي دو ايوان در شمال شرقي و جنوب غربي است. تزئينات به كار رفته در مدرسه كاشيكاري، مقرنس كاري، حجاري و خط نوشته است.
